DATENINTEGRATION

Heute ist allgemein bekannt, dass komplexe chronische Krankheiten, einschließlich kardiovaskulärer Erkrankungen, nicht auf einzelne Analysen oder Datensätze reduziert werden können. Deshalb wird sysVASC einen umfassenden Ansatz entwickeln, der molekulare Pfade offenlegt, die am Voranschreiten makrovaskulärer Erkrankungen vom Anfangsstadium bis zum klinischen Ereignis beteiligt sind. Dafür werden Daten unterschiedlicher Quellen wie klinische Studien oder Tiermodelle von kardiovaskulären Erkrankungen verwendet.

Dafür stehen dem sysVASC Konsortium große Datensätze von Patienten mit kardiovaskulären Krankheitsbildern zur Verfügung. In diesen Kohorten sind außerdem relevante Omiks-Daten (aus der Genomik, Metabolomik, Proteomik usw.) enthalten.

Das Konsortium wird eine der Öffentlichkeit offenstehende sysVASC-Informationsbank zu kardiovaskulären Erkrankungen erstellen. Darin werden Informationen aus schon existierenden Datenbanken und aus der Literatur in eine benutzerfreundliche Webseite aufgenommen. Die Information wird sowohl öffentlich zugänglichen Datenbanken (NIH GWAS Archiv, GEO, array express, Stanford Mikroarray Datenbank; pride, peptide atlas usw.) als auch veröffentlichter Literatur zu Omiks-Daten über Koronare Herzkrankheit und anderen makrovaskulären Krankheiten entnommen. Dafür werden halbautomatische Extraktions- und Annotationstools verwendet. Anschließend wird die Information manuell nachbearbeitet, um Genauigkeit, Triftigkeit und Relevanz der Daten zu gewährleisten.

Diese Informationsbank wird dann ihrerseits für die Pfadmodellierung verwendet. Um die sysVASC Informationsbank der Öffentlichkeit leicht zugänglich zu machen werden die Tools verwendet, die von den sysVASC Projektpartnern auf Grundlage von Informationsbankkonzepten (z.B. www.kupkb.org) im Vorfeld entwickelt wurden.

 

Letzte Aktualisierung: 01/April/2015

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